La basilica minore di Santa Maria Maggiore di Siponto fu eretta nel 1977. E' un'opera dedicata a Maria Santissima di Siponto.
La struttura è particolare ed ha una forma a pianta quadrata. Sono presenti due chiese separate e indipendenti, databili per le caratteristiche architettoniche all'età medievale. L'interno della chiesa è databile all'XI secolo. La chiesa presenta caratteristiche dell'arte romanico pugliese, anche se sono presenti influenze islamiche e armene.
La chiesa venne solennemente consacrata nel 1117 e ci fu la reposizione delle reliquie di san Lorenzo Maiorano sotto l'altare maggiore; è possibile che proprio in quell'anno ci sia stato il passaggio tra la nuova chiesa (questa) e la vecchia basilica paleocristiana (già basilica pagana), oggi riedificata con un interessante progetto di reti metalliche. A tal proposito, infatti, Edoardo Tresoldi ha ricostruito la vecchia basilica con reti metalliche, un originale incontro tra archeologia e arte contempoaranea.
Per secoli è stata custodita l'icona di Maria Santissima di Siponto, databile all'VIII secolo e custodita attualmente nella cattedrale di Manfredonia. Così come anche la statua lignea detta la Sipontina o Madonna dagli occhi sbarrati del VI secolo, in legno policromo di carrubo d'origine bizantina.